1994年，稅務總局推行金稅一期，包括增值稅交叉稽核和增值稅防偽稅控兩個子系統，在全國50個試點上線，通過人工采集納稅人的發票信息，再由計算機對比發現問題。但由于手工采集數據錯誤率太高，金稅一期慘遭停用。
2001年，吸取一期教訓，金稅二期實現了發票數據的自動采集，與此用時增加稅種，把海關增值稅完稅憑證納入管理，并將上述功能推廣至全國使用。
在經歷了金稅一期、二期（地稅未完全覆蓋）后，2013年，“金三”終于來了！經過在廣東、惠城區、惠城、惠東縣、斗門、東莞市6個省（市）級國地稅局試點后，終于在2021年完成全部推廣工作后開始實施。
2021年5月1日，金稅三期系統再次升級，并整合了以下信息：營改增 國地稅收數據整合、五證合一，標準化外部數據接口、銀行賬戶分類及支付結算管理、個人財產數據整合、境外收入情報交換等。
2021年8月，升級后的金稅三期系統升級為“自然人稅收管理系統扣繳客戶端”，功能更強大，稅務處理不到位。一旦被查處，處罰和賠付會特別嚴厲，違法亂紀、失信者會被納入國家信用平臺，到時候真的會寸步難行。
金稅三期查什么？隨著金稅三期的監管力度進一步完善，國地稅合并后，企業想要偷逃稅更是難上加難，那么金稅三期到底查什么？查個稅與社保施行五證合一后，稅務、工商、社保隨時合并接口，企業人員、收入等相關信息互聯，虛報工資已經沒余地了，個人所得稅和社保千萬別計算著少交。
查庫存賬實是否一致開票軟件已經增加了商品編碼，若再加上單位編碼，大數據的快速和準確度你難以想象，它會比你自己更了解你的庫存狀況，一旦有業務發生，庫存狀況盡收它的“法眼”。
查虛開發票金三利用強大的大數據，納稅人的稅號下，進項發票與銷項發票的行業相關性、同一法人相關性、同一地址相關性、數量相關性、比率相關性通通在它的“掌控“之中，虛開發票查驗指數100%喲~
查企業所得稅大數據對企業業務狀況了如指掌，不僅知道您發生了多少固定資產發票：買過幾套辦公室，搬過幾次地點，換過幾輛車;多少費用發票：多少是加油的、多少是辦公的、多少是差旅的，多少是請客的......
通過同行業比對，就能知道您的企業應該產生多少利潤，企業所得稅變得透明，還敢逃嗎？
查增值稅商品品類由商品編碼控制、商品數量由單位編碼控制，單價、金額本身就是數字，大數據計算你的商品增值額，庫存存量額(增值稅發票的留抵)，增值稅還敢逃嗎？
金稅三期帶來的變化
推動了國家電子政務建設促進政府部門間信息共廣州市海珠區公司注冊享和協作，還提高國家宏觀經濟管理能力和決策水平提供全方位支持，從而對社會的經濟建設和社會發展產生積極而重要的作用。有利于加強內部管理金稅三期上線后，應用網絡發票系統可以杜絕虛開、代開、開具“大頭小尾”發票的違法行為，幫助企業規避不法分子利用假票騙稅所帶來的財務風險，保護企業的合法經濟利益。金三增加了納稅評估系統，對誠信納稅有更高要求系統會定期或不定期對納稅人的納稅情況進行分析，一方面對因客觀原因造成的少繳或補繳稅款給予及時提醒，另一方面對故意少繳或者不繳稅款的事實進行處罰，并納入納稅人的誠信系統。有效的統一國、地稅核心征管應用系統版本實現業務操作和執法標準統一規范，促進稅務部門管理職能變革；實現全國數據大集中，利用及時全面準確的數據信息，提高決策的科學化水平和稅收征管水平，有效降低稅收成本。稅收環境更加公平，更加公開透明稅收分析比對更加高效便捷，將進一步促進稅務機關規范稅收執法和管理行為，最大限度地減少“人情稅”、“關系稅”，減少稅收執法的隨意性，這樣就為納稅人創造一個更加公平的稅收環境。金稅三期系統工程有效的優化了納稅服務通過信息網絡為納稅人提供優質、便捷、全方位的稅收服務；逐步實現納稅人可以足不出戶輕松辦稅，從而大大減輕納稅人辦稅負擔。金稅三期下企業如何防范稅務風險建立完善的內控管理制度在提高稅務監督水平的處理過程中，一套完善的內控監督管理制度可以幫助企業規避稅務風險，提高整體效率。
首先，根據商管企業的經營業務制定出合適的內控制度，使員工在進行稅務審核監督時有法可依，有章可循。其次，優化內控監督管理流程，提升商管企業的稅務監督水平與效率。
最后，企業需要設置內控監督管理部門，內控部門的工作由管理層統一領導，形成的稅務監督報告直接提交至管理層，并且其監督工作需要與稅務部門的工作相互獨立，避免部門工作串通，降低監督效率的情況發生；
加強稅務人員的相關培訓，提高綜合處理水平由于金稅三期要求商管企業在納稅申報以及繳納的過程中必須通過信息集成平臺，因此，對稅務人員的計算機處理技術提出了較高的要求。但是，傳統的稅務人員一般通過紙質化進行稅務操作，因此，需要加強稅務人員的綜合處理水平；
聘請專業稅務顧問商管企業稅務業務處理水平隨著國家經濟體制的不斷改革、經濟結構的不斷完善，一系列的稅務政策陸續出臺，商管企業進行稅務處理的難度加大。
因此，為了提高企業稅務人員的工作效率，減少稅務操作錯誤的情況出現，需要聘請專業的稅務顧問，對商管企業經營業務中的稅務政策進行講解，對企業的稅務工作進行指導，設計合理的稅務風險應對方案，幫助商管企業規避風險，在合理合法的情況下幫助商管企業實現最大程度的盈利，促進商管企業的發展。